非甲烷总烃分析仪原理上主要有催化氧化法和色谱法，二者的主要区别在于，催化法通过催化甲烷以外的有机物对甲烷进行分析，色谱法通过色谱分离的方法对甲烷进行分离分析。
催化氧化法:催化法具有响应时间快的优点，且在大部分工况下其测量数值和色谱法准确性相当，但是由于催化法本身方法上的缺陷，如果样品中氧含量低，或者存在导致催化剂中毒的成分例如硫等，测量上可能出现问题，在应用上需要注意。另外，催化法的转化炉需要定期进行保养或者维护，并验证其催化效率，对于一般用户来说，操作上难度较大。另外，大多采用催化法原理的产品，初设计上只考虑了总烃测定，后来为了满足非甲烷总烃市场需求，增加了甲烷催化模块。因而，产品通常采用分体式设计，即由两套设备组合而成，一套测试总烃，另一套测试甲烷，相减得到非甲烷总烃含量。分体式设计导致设备现场使用较为繁琐，需要现场搬运、连接复杂管路和电路，此外由于催化模块的设计，需要现场接拉220vac电源，导致污染源现场众多应用受限。色谱法:色谱法产品前期主要参考《固定污染源排气中非甲烷总烃的测定气相色谱法》，该标准在原理上和目前新发布的标准征求意见稿基本一致。由于色谱法是国内外较为成熟的方法，实验室应用时间较长，且原理上决定了是通用和可靠的方法。对于甲烷的分析，采用色谱柱进行分离，可以完全消除现场工况下其他物质的干扰。